El bienestar de los animales forma parte del desarrollo sostenible, por tanto es importante proteger su salud y garantizar la productividad, aunque ello implique costes adicionales de explotación que no se reparten de forma proporcionada a lo largo de la cadena alimentaria. La fauna silveste, cuyo estado de salud no es el más óptimo, ha aumentado en la mayoría de los Estados miembros, se puede traducir por tanto en la posibilidad de mayor transmisión de enfermedades contagiosas a la fauna doméstica y podría comporometer la salud pública.
Desde que se establecieron por primera vez normas de la UE en el ámbito de la salud animal en los años sesenta del siglo pasado, han surgido nuevos desafíos, como, por ejemplo, nuevas enfermedades. El volumen del comercio de animales y productos de origen animal también ha crecido muchísimo, tanto dentro de la UE como con terceros países. El actual corpus legislativo es también extremadamente complejo. El nuevo Reglamento establece unas normas generales de salud animal en un único texto legal que sustituye las complejas normas actualmente en vigor (alrededor de cincuenta directivas y reglamentos). Esto contribuirá a mejorar la prevención y el control de las enfermedades animales y a abordar de forma coordinada los riesgos para la seguridad.