Es la Semana de la Tierra en la escuela. El Gran Segis y la señorita Stratmann lideran dos proyectos ambientales diferentes que competirán en el Festival Municipal. Por otro lado, Charly decide investigar por su cuenta sobre la contaminación de la tierra. Para su sorpresa, descubre toneladas de basura en las muestras de tierra de los alrededores y destapan lo que parece un auténtico escándalo medioambiental. A la vez, Rabanito empieza un trabajo temporal ayudando a la señorita Stratmann con su ordenador. Esto hace que Fred se ponga celoso y acaba provocando una fuerte discusión entre ambos amigos.

Fred apunta a Precioso a un casting para un anuncio de comida para perros. Durante el primer día de rodaje, su compañero de pantalla, Flupi, desaparece sin dejar rastro junto con su collar de diamantes. Madeleine, la perrita de la Condesa, que resulta ser una vieja compañera de Precioso, sustituye a Flupi en el anuncio. El señor Rubenacker, el amo de Flupi, recibe una nota anónima pidiendo un rescate. Los chicos inician una investigación que no los lleva a ninguna parte, pero mientras, Precioso descubre la verdad, que es a la vez dolorosa y romántica.

Durante una excursión de tres días a un castillo medieval, la hermana mayor de Charly, Nicole, empieza a trabajar como aprendiz de monitor de escuela. Se supone que Precioso no puede ir con ellos, pero Fred se lo lleva a escondidas y Charly se ve obligado a utilizar un supuesto dolor de tripa como excusa para encubrir al perro. Una vez en el castillo, los profesores empiezan a caer enfermos, uno tras otro, con síntomas de envenenamiento. Charly hace una lista de sospechosos, ¡pero esta vez tiene que incluirse a sí mismo! El problema es que el Gran Segis piensa que Charly es el origen de la epidemia.

Los amigos crean una página web para promocionar la Agencia. El primer caso que les llega es encontrar un gatito perdido que al final resulta pertenecer a Gerardo el Guapo. Mientras tanto, ¡alguien piratea su web y empiezan a recibir centenares de casos falsos! Mientras tanto, Estefi se enamora de Santi, un joven y guapo ayudante de profesor de informática, y abandona a sus amigos y sus investigaciones. Pero Estefi se verá involucrada en un lío al comprar un ordenador robado. Estefi se dará cuenta de la importancia de confiar en sus amigos.

La pulsera de la señorita Stratmann desaparece dentro del vestuario de chicas del gimnasio de la escuela. Los chicos le ofrecen los servicios de detectives de la Agencia Charly & Co. Fred sospecha de Daniel, el conserje de la escuela, quien parece tener una segunda personalidad diabólica. En realidad, ¡Fred está celoso! Finalmente, la investigación los lleva hasta la casa de Daniel, y una vez allí, los chicos descubrirán que todo tiene que ver con una señora mayor y un grupo de gatos. Además, Fred tendrá la oportunidad de mejorar la relación con su madre.

Cuando se sabe que alguien ha entrado en la sala de profesores y han desaparecido los pendientes de la señorita Janis, todo el mundo se sorprende. A la vez, Gerardo el guapo declara a la policía que alguien ha entrado en su ordenador. Charly, que se han colgado de Carol, la amiga de su hermana, piensa que el ladrón es un chico con un paraguas de topos rojos a quien salvó de resultar herido en un accidente de coche. Pero el grupo descubre que Carol puede estar involucrada en el robo. ¿Será capaz Charly de ser objetivo en su investigación?

La madre de Fred acoge en su casa a un hombre que acaba de llegar a la ciudad… y a su perro. Precioso desconfía de ellos al ver su comportamiento extraño alrededor de la casa de Charly. No es fácil, pero Precioso consigue atraer la atención de Fred y el resto del grupo y finalmente descubre que el hombre toma fotos de objetos antiguos y los roba a demanda. Sin embargo, ¡no contaba con las habilidades detectivescas de Precioso! Los gnomos que decoran el jardín de la Agencia serán muy útiles para la investigación del perro.

Nina, la líder de la Ciberpandilla, se ha comprado un Cleverphone 7 y Estefi está desesperada por tener uno cueste lo que cueste. Los amigos consiguen un trabajo de ayudantes en un pequeño estand del mercado de verano vendiendo alitas de pollo – y disfrazados con gorros de pollo. A la vez, hay un robo en la joyería junto a su estand. Es hora de trabajar con el encargado del centro y la policía para detener a los ladrones. Y por el camino, los amigos aprenderán el valor de ayudarse mutuamente.

Cuando la señorita Stratmann, la profesora de biología, llega a la escuela con un coche deportivo descapotable, empieza a actuar de una manera extraña y es vista llevando un disfraz igual que la que utilizan unos ladrones de bancos a la fuga, Charly sospecha que ella puede ser la líder de la banda de ladrones. El problema es que Fred está enamorado de ella, de manera que está dividido entre la lealtad a sus amigos y el amor de su vida. Charly & Co utilizarán sus dotes de detectives para resolver el misterio. Aunque la verdad es muy diferente, ¡acaban atrapando a los ladrones!

Mucho antes que Precioso fuera a vivir a la Agencia, era un perro callejero. Un día se encuentra una salchicha, pero cuando pretende comérsela, es atacado por un perro llamado Braggart, perdiéndola por el camino. En un intento de recuperar su salchicha, Precioso se topa con un líder de la mafia llamado Bruschetti a quien Charly & Co. están investigando, y sus caminos se cruzan. Precioso huye de Braggart y Bruschetti ha tomado a Fred como rehén. El perro muerde al criminal y Precioso y Fred se esconden tras unos contenedores. Una vez relajados, se miran el uno al otro. ¡Es el inicio de una bonita amistad!

Hace 100 años la escuela de los chicos inició un proyecto de "cápsula del tiempo". Enterraron una cápsula bajo un azulejo de la entrada de la escuela con un valioso diario de la época dentro. Debido a esto, ¡una nueva aventura comienza para la pandilla!

El padre de Estefi y Rabanito les castiga a quedarse en casa y estudiar matemáticas hasta que Rabanito pueda aprobar el próximo examen. Pero ellos se saltan el castigo para ayudar a su abuelo, ya que alguien le ha robado.

Un nuevo alumno, Ben, llega a la escuela y se hace amigo de Estefi. Charly se pone celoso y sospecha de él. Carl Witt, el padre de Ben, es acusado de haber robado unas figuritas de arte y el grupo intentará probar su inocencia. Bueno, ¡todos menos Charly, que está convencido que Carl es culpable! Ben los ayuda en la investigación, que acabará llevando a los chicos a la Galería de Arte Tartiflette. Una vez resuelto el caso, Carl decide mudarse de nuevo a otra ciudad donde no les conozcan. Estefi se pone triste ya que no podrá volver a ver a Ben.

Charly & Co. ven cómo la señorita Janis entrega un maletín a un hombre sospechoso y sale corriendo sobre una bici, mientras el hombre desaparece por la puerta de atrás de un restaurante de comida rápida. Al día siguiente, los chicos ven a la señorita Janis llorando mientras la señorita Stratmann la consuela. Por otro lado, la madre de Fred sale con un hombre llamado Bernie que la convence de invertir en su negocio medioambiental. Pero cuando los chicos ven a Bernie hablando con la señorita Stratmann, saben que allí está pasando algo raro. ¡La madre de Fred podría estar en peligro!

La escuela se transforma en el set de rodaje de un episodio de Detective Derk, la serie de televisión de detectives favorita de los chicos. Algunos estudiantes tienen la oportunidad de hacer prácticas en el rodaje, entre ellos Charly & Co. Entonces empiezan a pasar cosas extrañas: un cable de cámara cortado, pastillas de dormir en la taza de café del director, o una invasión de ovejas en el huerto de la Agencia. ¡Esto es sabotaje! Todos los miembros del cásting y de producción son sospechosos para Charly y los chicos. Excepto Estefi, que se ha enamorado de Derk, el actor protagonista.

Una gata llamada Mimi se instala en casa de Precioso de manera inesperada. Los chicos se encargan de cuidarla mientras buscan a su amo. A la vez, Charly quiere encontrar a un hombre a quien llaman “el ladrón estúpido” por activar la alarma del almacén donde pretendía robar. Días después el ladrón estúpido intenta robar otro almacén y vuelve a fallar. Charly & Co. utilizarán como excusa una excursión al parque industrial para investigar los intentos de robo. Pero esta vez serán Precioso y Mimi los que liderarán la investigación, que apunta hacia la compañía instaladora de las alarmas.

La escuela organiza una tómbola para sortear los destinos de prácticas de trabajo. El grupo gana la papeleta de la comisaría sin Charly, a quien le toca ir a los establos del señor Rubenacker. Mientras ayuda al cuidador de los establos, Springer, Charly conoce a Cindy, la hija del amo, quien automáticamente se enamora de él. Aquella tarde, desaparece un trofeo de hípica de los establos y Charly se ofrece a descubrir al culpable. Asimismo, Springer llama a la policía y vienen, junto con el resto de los amigos, dispuestos a resolver el caso.

Los chicos van al mercado ambulante, donde ven tenderetes de ropa de marca muy barata y Charly sospecha que se trata de mercancía robada o pirata. Allá conocen a Brassert, un entrenador de perros y deciden apuntar a Precioso a un curso de fin de semana para enseñarle maniobras de protección. La hermana mayor de Charly, Nicole, se está haciendo muy amiga de Estefi y se apuntará a sus investigaciones: ¡y eso disgusta a Charly! Pero cuando Nicole es secuestrada por una banda de gángsters, los chicos unirán fuerzas con Miki, el novio de Nicole, para salvarla.

La escuela organiza una obra de teatro donde actúan tanto profesores como alumnos, incluyendo un beso en la mejilla de la señorita Stratmann a Fred, que representan ser madre e hijo. Los chicos descubren una carta anónima de extorsión que alguien ha enviado al director de la obra, el señor Pinter. La señorita Janis les informa que el director está preparando otra obra en el Teatro Municipal. ¿Dos obras a la vez? ¡Es suficientemente sospechoso como para hacer investigar a Charly & Co.! Además, ¿conseguirá Fred recibir el beso de su querida señorita Stratmann?

Alguien ha entrado en casa de la señorita Stratmann mientras ella está fuera de viaje, pero no falta nada. Su novio, Paul, cree que el ladrón buscaba la colección de cómics de su familia, que es muy valiosa. Paul decide quedarse a vigilar la casa mientras la profesora está fuera, pero necesita que alguien se haga cargo de su hijo pequeño, Tim. Es así como Rabanito acaba convirtiéndose en el canguro del bebé y Charly & Co. lo utilizan de espía infiltrado para desenmascarar a los ladrones. Las cosas se complican cuando Rabanito pierde de vista a Tim en el Club de Bebés.

La serie trata de las aventuras detectivescas de Charly, Estefi, Rabanito y Fede y su peculiar amigo, un perro pequeño, desmelenado y callejero.

La señorita Janis está reformando su casa y pide a Charly & Co. si su pequeño perrito Nino puede quedarse a dormir con Precioso durante unos días. ¡Y Precioso lo tendrá que vigilar! Ese mismo día descubren un enorme grafiti en la fachada del colegio. Mientras tanto, la policía está buscando a un hombre llamado “el ladrón de la media blanca” que roba furgonetas de bancos. Mientras Charly & Co. investigan el grafiti, el detective Precioso y su ayudante Nino descubrirán la conexión entre el grafiti y el ladrón.

La señorita Brise, una profesora en prácticas, escogerá el mejor artículo de entre los alumnos para publicarlo en el diario de la escuela. Charly tiene una idea: escribirá sobre las investigaciones policiales para ganar la competición. Sin embargo, durante la entrevista a la policía, ¡alguien roba el coche del inspector Martínez! Gerardo el Guapo, que está intentando seducir a la señorita Brise, informa de un hombre llamado Karowski que ha intentado venderle un coche robado, de manera que los chicos deciden investigarlo. Y entonces descubrirán que existe un vínculo anterior entre el inspector Martínez y la señorita Brise. 

Es Semana Santa y los chicos se van de acampada a una isla de vikingos con el Gran Segis y su familia. La isla es famosa por la existencia de un fantasma errante, aunque nadie ha podido confirmar nunca que exista. Durante una excursión, Fred encuentra una bonita pieza de ámbar que resulta ser un antiguo amuleto vikingo. Pero a la mañana siguiente, ¡desaparece! Lindi, la hija del Gran Segis, apunta al fantasma como el culpable, mientras que Charly argumenta que los fantasmas no existen. Charly y Lindi lideran diferentes líneas de investigación y sólo uno de ellos demostrará tener razón. 

El caso del gimnasio calamitoso