El 1 de junio, sobre las 8:40 horas, Juan José Hernández Rovira salió de su casa, en la calle Antonio Arias de Madrid, junto a su hija Lourdes. Se dirigía a su trabajo en el Ministerio de Defensa y su chófer le esperaba en la calle Ibiza. Se despidió de su hija y cuando iba a subir al coche un etarra le disparó. Una vez en el suelo, lo remató con cinco impactos de bala.

El vehículo en el que huyeron los tres terroristas que habían participado en el atentado, fue abandonado en la calle Walia, frente a dos guarderías. El coche explotó a las 9:40 horas sin causar daños personales.

Juan José Hernández Rovira, de 58 años, nació en Madrid. Había enviudado hacía un año y tenía siete hijos. En 1952 ingresó en el Ejército y tres años más tarde salió como alférez de la Academia General Militar de Zaragoza. Era general de Brigada de Infantería desde 1991. Anteriormente estuvo destinado en la Academia Especial Militar del Estado Mayor Conjunto; también en el Centro de Intendencia de Madrid, en la Academia General Militar, en la Escuela de Geodesia y Topografía del Ejército, en la Escuela de Parques y Talleres de Automovilismo y en la Escuela Superior del Ejército.

El etarra Mikel Azurmendi Peñagaricano fue condenado a 52 años de reclusión. Además, debía indemnizar a los herederos legales de Juan José. José Luis Aguirre Lete fue absuelto al carecer de pruebas suficientes para condenarlo por el asesinato.