Desarrollan un nuevo método que detecta en horas cambios genéticos en tumores

• El método reducirá a horas lo que ahora se tardaba una semana
• El coste económico pasará de 3.000 a 700 euros

Smufin: nuevo método para detectar alteraciones genéticas responsables de tumores

Un grupo de genómica computacional de Barcelona ha desarrollado un nuevo programa bioinformático que analiza los cambios genéticos en pacientes de cáncer en pocas horas, una operación en la que ahora necesitan emplear una semana.

Según ha explicado a Efe el biólogo David Torrents, que ha liderado esta investigación del Barcelona Supercomputing Center-Centro Nacional de Computación (BSC-CNS), con el nuevo programa "se pueden detectar las mutaciones celulares de un tumor cancerígeno en cinco horas, y además de una forma más sencilla y más barata".

El desarrollo del programa, que es de libre acceso para uso académico y científico y de pago para objetivos comerciales, ha sido publicado hoy en la revista Nature Biotechnology.

“es capaz de localizar las grandes reorganizaciones de cromosomas difícilmente detectables hasta ahora"“

El programa, que se denomina 'SMUFIN' (por Somatic Mutations Finder),  permite detectar de forma "sencilla, rápida y precisa" las alteraciones genéticas que causan la aparición y progresión de tumores "e incluso es capaz de localizar las grandes reorganizaciones de cromosomas difícilmente detectables hasta ahora", ha explicado Torrents.

El biólogo, experto también en informática, ve en esta nueva herramienta un paso fundamental para alcanzar la "medicina personalizada, ya que el análisis genómico de cada paciente ayudará a su diagnóstico y permitirá la selección de tratamientos cada vez más eficaces y menos agresivos".

La creación del programa ha necesitado de dos años de trabajos de supercomputación, en una investigación en la que también han participado el Hospital Clínic, el Instituto de Investigación Biomédica August Pi i Sunyer, el Instituto de Oncología de la Universidad de Oviedo, el European Molecular Biology Laboratory de Heidelberg, y el Centro Nacional de Análisis Genómico de Barcelona.

"Para estudiar un cáncer hay que identificar la mutación de la célula que se ha vuelto loca y para eso se mira en el genoma qué mutación ha sufrido. Para ello se secuencia el genoma y se compara con una célula sana, para ver qué cambio hay y qué proteína está tocada y ver qué fármaco se tiene que dar", ha explicado Torrens.

El método simplifica y abarata los procesos anteriiores

"Hasta ahora, este procedimiento es lento, complejo y caro,  con muchos investigadores implicados, muchos centros, y muchos tipos de mutaciones que no se detectaban", ha subrayado el biólogo.

“Hemos generado una nueva manera de leer el genoma, haciendo comparación directa del genoma tumoral y el sano“

"Nosotros -ha añadido- hemos generado una nueva manera de leer el genoma, haciendo comparación directa del genoma tumoral y el sano, hemos sacamos la carga de los otros métodos y lo hacemos más sencillo, más rápido y capaz de detectar muchos más tipos de mutaciones, como las grandes reorganizaciones de cromosomas, que en su mayoría quedaban ocultas".

El nuevo análisis bioinformático permite a los médicos encontrar las mutaciones de un tumor en cinco horas, cuando ahora se necesita una semana, y ya no será necesario acudir a grandes computadoras, lo que hacía el proceso caro y de difícil aplicación a la clínica diaria, sino que se podrá hacer en cualquier hospital.

Torrents ha augurado que también el coste de secuenciar el genoma, actualmente entre 2.000 y 3.000 euros por un genoma completo,  bajará a unos 700 euros, "un precio que ya es atractivo para introducir medicinas personalizadas en las prácticas clínicas".

Se ha desarrollado con Linux

Según el científico, para usar el nuevo método que ve los cambios genéticos de un tumor sólo es necesario tener conocimiento básicos de Linux, el programa con el que se ha desarrollado.

La principal novedad de SMUFIN es que hace una comparación directa entre el genoma de células sanas y el genoma de células tumorales de un mismo paciente y localiza prácticamente todas las mutaciones detectables a la vez sin tener que recurrir a varios programas y potentes computadoras.

El nuevo programa también sirve para la investigación biomédica, ya que abarata la comparación masiva de genomas para estudiar el origen de enfermedades complejas, y facilita que muchos investigadores detecten mutaciones en miles de genomas tumorales en poco tiempo, ha concluido Torrents.

En este sentido, el BSC está participando en la mayor iniciativa mundial de genómica del cáncer a través del Consorcio Internacional del Genoma del Cáncer,  que pretende analizar los genomas de miles de pacientes para estudiar las bases genéticas de la aparición y la evolución de un gran número de tipos tumorales.