Secuenciar el coronavirus, una necesidad "crítica" para garantizar la efectividad de las vacunas

• España es el séptimo país del mundo que más secuencias aporta al banco del genoma de la COVID-19
• La UE urge a extraer el genoma del 5 % de los casos semanales para controlar posibles variantes del virus
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España es el séptimo país del mundo y el segundo de la UE en secuencias COVID aportadas al GISAID, pero solo ha procesado el 0,3 % de sus casos.

La semana en la que el relevo al frente de Sanidad ha acaparado todas las miradas, el Ministerio ha publicado un nuevo protocolo para potenciar la secuenciación del genoma del coronavirus. Lo ha hecho a instancia de la Comisión Europea, que ha exigido a los países de la UE que pisen el acelerador ante la necesidad "crítica" de detectar variantes del virus —como la británica, sudafricana o brasileña— que podrían influir en el desarrollo del proceso de vacunación.

"La identificación de variables y el conocimiento genético del coronavirus afecta directamente a la toma de decisiones en Salud Pública", explica a RTVE.es el portavoz de la Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica, Tomàs Pumarola. También es crucial para la industria farmacéutica, añade, porque "el desarrollo de vacunas depende de que aportemos datos virológicos de gran consistencia y actualizados ampliamente".

"En las casi 30.000 letras que integran la secuencia de los virus está escrito todo lo que son y todo lo que pueden hacer", manifiesta por su parte Isabel Sola, codirectora del laboratorio de Coronavirus del Centro Nacional de Biotecnología del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CNB-CSIC), quien aclara que "determinados cambios que aparecen en la secuencia pueden relacionarse con comportamientos del virus para los que haya que estar preparado o dar una respuesta".

De acuerdo con un comunicado remitido al Parlamento y al Consejo europeos, la Comisión ha marcado a todos los países que deben secuenciar al menos el 5 % de sus muestras positivas, aunque apunta al 10 % como meta preferible. Sin embargo, la realidad es que, además del Reino Unido, solo Dinamarca supera ese porcentaje.

España es el séptimo país del mundo y el segundo de la Unión Europea en aportaciones absolutas al GISAID, la iniciativa de ciencia global que proporciona acceso abierto a datos genómico del coronavirus. El Reino Unido, Estados Unidos y Dinamarca son sus principales contribuyentes.

Ahora bien, nuestro país pasa del segundo al décimo lugar en la UE si se calcula el porcentaje de muestras que se cargan a la base de datos respecto al total de contagios de cada país. Desde el 10 de enero de 2020 —fecha en la que se publicó por primera vez una secuencia del genoma del coronavirus— hasta el 28 de enero de 2021, España ha procesado el 0,27 % de sus más de 2,7 millones de casos positivos, frente al 17,5 % de nuestros vecinos daneses, según datos del GISAID a los que ha tenido acceso RTVE.es.

Tal vez por eso, el Ministerio de Sanidad se ha marcado un primer objetivo de entre el 1 % y el 2 %.

 

Conocer mejor al virus y vigilar las variantes

Esta cifra no tardará mucho en alcanzarse de acuerdo con las previsiones trasladadas a RTVE.es por varias consejerías autonómicas, pero sigue quedando lejos del estándar marcado por Europa. Además, tanto para Pumarola, responsable de Microbiología en el Hospital Vall d’Hebron, como para el jefe del Laboratorio de Virología del Hospital Universitario Central de Asturias (HUCA), Santiago Melón, son necesarios más recursos técnicos y más personal.

"No son resultados que puedas dar en dos o tres días", explica Melón, para argumentar la carga de trabajo adicional que puede suponer en los laboratorios hacer una secuenciación completa del virus. Utilizar los reactivos y el instrumental necesario para obtener un mapa completo del virus puede suponer una inversión de unos 200 euros por muestra, añade el virólogo.

Un mapa completo del genoma del coronavirus puede tardar en obtenerse entre siete y diez días. La secuenciación masiva —nombre con el que los científicos se refieren a este proceso— es una herramienta para crear métodos más sencillos de detección. Sin embargo, si lo que se pretende es vigilar las variantes que ya se conocen, los expertos apuestan por utilizar otras técnicas que permiten encontrar mutaciones concretas.

"Son técnicas que, si no tienes costumbre de usarlas, cuesta", reflexiona el científico, que cree que para llegar a un 5 % de secuenciación masiva puede hacer falta un mes. "Ahora mismo, la variante [británica] se busca en prácticamente el 80 % de las muestras que llegan al laboratorio", añade.

La secuenciación dependerá de las comunidades autónomas

En La Rioja, llevan trabajando con la secuenciación del genoma completo del virus desde marzo de 2020. Lo hacen dentro del grupo SeqCOVID, un proyecto de investigación financiado por el Instituto de Salud Carlos III y el CSIC, del que forman parte hospitales y laboratorios de todas las comunidades autónomas. El grupo —integrado por hospitales como el Universitario Donostia, el Gregorio Marañón de Madrid o el Universitario de Castellón— aporta al GISAID el 86,25 % de las secuencias procedentes de España.

"Actualmente tenemos datos de aproximadamente 400 genomas", afirman desde Rioja Salud, cuyo laboratorio de referencia es el Centro Investigación Biomédica de La Rioja. Su previsión se sitúa ya en los objetivos de Sanidad: analizar un 2,4 % de las muestras semanales -unas 48 cada siete días- para el trimestre que va de diciembre a febrero

 

"En el Vall’dHebron estamos en el 1 %", explica el responsable de microbiología Tomàs Pumarola. Él cree que en España hay muchos laboratorios preparados para la secuenciación, pero lamenta que "hasta ahora no ha habido una política ministerial para hacer una secuenciación global en España".

Para explicarlo, pone como ejemplo al Reino Unido, que "desde el principio creó un consorcio que les ha dado una ventaja" en términos de investigación. Sin embargo, lamenta que el protocolo español sea menos ambicioso y solo pretenda "detectar las tres variantes que se están moviendo".

"Para saber si aparecen nuevas variantes, es necesario ir a secuenciación masiva", insiste Pumarola. Además, esas secuencias deben integrarse en las bases europeas e internacional, como GISAID, que ya existen para tener un mejor conocimiento del virus a nivel internacional.

Un peligro para la salud pública

Variantes del SARS-CoV-2 como la británica, la sudafricana o la brasileña representan un peligro para la salud pública no solo porque pueden aumentar la capacidad de contagio y la letalidad del patógeno, sino también porque tienen el potencial de interferir con las vacunas, reduciendo su eficacia.

En el caso de que la efectividad de las vacunas se viese mermada ante ciertas variantes, habría que volver a ajustarlas, un proceso relativamente sencillo, pero que implicaría revacunar a las personas ya inmunizadas. "Por ejemplo, en el caso de Pfizer y Moderna, habría que producir de nuevo una vacuna con una formulación diferente, porque las letras que va a llevar el ARN mensajero cambian, pero no habría que repetir todo el ensayo clínico. Es como si hubieses publicado un libro con alguna errata y tuvieras que volver a imprimirlo corrigiendo solo esos fallos", explica Isabel Sola, cuyo laboratorio está desarrollando uno de los proyectos de vacuna más prometedores de todos los que tienen firma española, basado en un virus reconstruido genéticamente para estimular al sistema inmune sin provocar daños en el organismo.

Su equipo, que codirige junto con Luis Enjuanes, ya ha previsto la "necesidad" de incorporar todos aquellos cambios que se han convertido en prevalentes y "representan al virus real que está circulando". "Nuestra vacuna tiene la misma flexibilidad que la de Pfizer o Moderna para adaptarse a nuevas variantes, porque la idea es la misma", detalla.

Por qué aparecen tantas mutaciones

Pero, ¿por qué ahora están apareciendo tantas mutaciones preocupantes en diferentes partes del planeta? La explicación es sencilla: cuando un nuevo virus accede a la población humana, no existe ninguna clase de inmunidad, por lo que apenas encuentra resistencia. Pero la pandemia ha evolucionado y ese escenario ha cambiado, tal y como ilustra Isabel Sola: "En un primer momento se trata de un terreno completamente virgen, y el virus no está sometido a ninguna presión selectiva, no tiene necesidad de cambiar. Aunque conforme vamos conviviendo más tiempo los humanos y el virus, se va generando más inmunidad en las personas, y puede aparecer una cierta presión selectiva que fuerza al virus a evolucionar y cambiar, a un ritmo al que no estábamos acostumbrados".

También menciona una segunda causa que se suma a la anterior: la actual tasa de infecciones a nivel mundial está desbocada. "Cuantos más contagios hay, cuantas más transmisiones hay, más se replica el virus, más ciclos de replicación hay y más puede cambiar", asegura.

"Las mutaciones son completamente inevitables, porque en la naturaleza de los virus está cambiar y van a seguir haciéndolo para conseguir mantener su competencia a la hora de replicarse y transmitirse", reflexiona esta viróloga.