La ciencia andaluza dibuja el mapa de la epidemia que analizará nuevas variantes y su virulencia

• El objetivo es adelantarse a la evolución del coronavirus en Andalucía y controlar su desarrollo epidemiológico
• Se está elaborando gracias a la integración de la secuenciación genómica y su posterior interpretación y análisis

Un mapa epidemiológico permite estudiar las diferentes variantes, así como su virulencia y transmisibilidad.

Un mapa epidemiológico permite estudiar las diferentes variantes, así como su virulencia y transmisibilidad. En eso trabajan científicos y científicas andaluces del Sistema de Vigilancia Epidemiológica de Andalucía y del Área de Bioinformática Clínica de la Fundación Progreso y Salud. Estamos hablando de una herramienta interactiva que permitirá mejorar el control de la pandemia y que hará s posible ver cómo se ha transmitido el coronavirus en Andalucía desde los inicios, cuáles han sido las zonas con un mayor índice de contagio y también cómo han influido las medidas sanitarias que se han ido implantado, entre otros aspectos.

Secuenciar el genoma del virus “es como leer el libro de instrucciones para descifrar su funcionamiento”, explica Joaquín Dopazo, director del Área de Bioinformática Clínica. “Esto permite comparar cada libro de instrucciones y ver semejanzas y diferencias entre ellos que son luego relacionados con los cuadros clínicos que haya presentado cada paciente del que procede la muestra”, señala.

Tres cepas son las que más preocupan

En este momento hay tres cepas con especial interés para la Salud Pública: La británica, con más del 90%, es la mayoritaria y frente a ella tienen inmunidad tanto los vacunados como los que han pasado la enfermedad. Preocupa más la cepa sudafricana y la brasileña, porque los científicos temen que puedan saltarse esta inmunidad. “Son de especial interés porque sabemos que tienen impacto en un aumento de la trasmisión en el territorio o pueden estar relacionadas al escape de la inmunidad a la vacunación”, nos detalla Nicola Lorusso, de la Dirección General Salud Pública de la Junta de Andalucía

Este proyecto implica a 15 hospitales de la región, institutos y centros de investigación, y centros de Atención Primaria de toda Andalucía. Se trata de una red multicéntrica y colaborativa y ha sentado las bases para la puesta en marcha de un circuito que permite incluir la secuenciación genómica del virus en la práctica clínica por primera vez.

Se han establecido dos centros de referencia donde se acogen y secuencian las muestras: El Hospital Virgen del Rocío de Sevilla, que cubre la zona occidental de Andalucía (las provincias de Cádiz, Córdoba, Huelva y Sevilla) y el Hospital San Cecilio de Granada para la zona oriental (Almería, Granada, Jaén y Málaga).

Para realizar el mapa se recogen muestras de los casos con sospecha de infección por variantes diferentes a la habitual y de los pacientes que se han reinfectado. También de un número aleatorio de enfermos. Las muestras se envían al laboratorio donde comienza la secuenciación del virus de los pacientes que han dado positivo. “Una vez que lo hemos analizado, lo introducimos en una base de datos internacionales que nos permitirá conocer el linaje, esdecir, el tipo, la variante del tipo a la que nos enfrentamos”, afirma el doctor de Microbiología del Hospital Virgen del Rocío José Antonio Lepa. Todo se plasma en un mapa epidemiológico muy útil en la toma de decisiones y en una fuente de información para los investigadores que luchan contra la pandemia.