Ómicron y las mujeres que secuenciaron el coronavirus en España

• El laboratorio de FISABIO en Valencia ha realizado un 70% de las secuenciaciones genéticas de coronavirus de nuestro país
• Sus responsables cuestionan que la nueva variante Ómicron sea relevante para la sexta ola de la pandemia

Una investigadora de a Fundación Fisabio, que desarrolla proyectos de investigación en secuenciación genómica en la lucha contra la covid-19

Su media de edad es de unos 30 años. Algunas como Alma tienen experiencia sobrada como epidemiólogas y ayudaron incluso a determinar de dónde salía el virus que había infectado a las víctimas del caso del anestesista Juan Maeso. Otras, como Sandra, están siendo clave en la identificación de los enterradas en fosas comunes de la Guerra Civil. Y entre ella también está Paula, que ha hecho de la divulgación científica su pasión tanto en redes sociales como en libros.

“Es una experiencia inédita“

Son 8, trabajan en el laboratorio de secuenciación de Fisabio, la Fundación para el Fomento de la Investigación Biomédica de la Comunitat Valenciana, y ninguna podía imaginar en marzo de 2020 que se iban a convertir en el grupo que iba a realizar más secuenciaciones genéticas de Coronavirus en España.

Tampoco su jefa, otra mujer, Llúcia Martínez, a la que la pandemia le hizo cambiar la baja de su reciente maternidad por un teletrabajo acelerado para coordinar el operativo.

“Hicimos la primera secuenciación de un coronavirus“

“Es una experiencia inédita. Aquí nos pilló con las fallas en la calle y yo de baja, pero este servicio tenía la potencia necesaria para responder rápidamente. Nos pusimos a ver qué se estaba haciendo en otros países, qué protocolos de secuenciación se estaban siguiendo. Obtuvimos una muestra de un contagiado en el partido del Atalanta-Valencia e hicimos la primera secuenciación de un coronavirus”.

8 mujeres trabajan en el laboratorio de secuenciación de Fisabio, la Fundación para el Fomento de la Investigación Biomédica de la Comunitat Valenciana GVA FISABIO

De las resistencias a los antibióticos al mapa genético del Coronavirus

La Comunitat Valenciana tenía una red de vigilancia lista antes de la pandemia. Se había dotado a los hospitales de máquinas y se había formado al personal. Es verdad que era una red de vigilancia de resistencia microbiana a los antibióticos financiada por la Unión Europea, pero sirvió para empezar a conocer de qué coronavirus se estaban infectando los españoles. “No les podíamos pedir a los hospitales con la sobrecarga que tenían que se pusieran a implementar tecnologías de control por eso se hizo en esta fundación”.

“No podíamos pedirle a los hospitales que implementaran tecnologías de control“

Nacía el proyecto SeqCovid, financiado por el Instituto Carlos III. El laboratorio de Valencia llego a hacer hasta 900 secuenciaciones genéticas del virus a la semana. Unas 17.000 a día de hoy. 7 de cada 10 de las realizadas en España.

El Centro Europeo de Control de Enfermedades, recuerda Llúcia, "ya venía diciendo hace años que la vigilancia de enfermedades infecciosas se tenía que basar en la secuenciación de organismos. Pocos países lo estaban haciendo. ¿Qué nos trajo esta pandemia? Que esto se tenía que implementar sí o sí”.

La secuenciación del coronavirus en Fisabio

El mapa genético del coronavirus: un código de 30.000 caracteres

Puede que sea muy dañino, pero no es de una complejidad genética extrema. Un coronavirus tiene unos 10 genes frente a los 100.000 de un ser humano. En el caso del virus unos 30.000 caracteres o letras químicas. En el de una persona más de 3.000 millones.

“En una persona infectada hay millones de virus con pequeñas diferencias entre sí“

“Es relativamente pequeño", dice Fernando González Candelas, responsable del Grupo de Biología Molecular de Fisabio. "30.000 caracteres son 4 o 5 folios. Hoy disponemos de técnicas para leer ese texto pero no es tan sencillo. Las técnicas deben ser precisas porque en una muestra de una persona infectada hay millones de virus con pequeñas diferencias entre sí y hay que ver cuál representa la mayoría”.

“Hoy es una técnica relativamente barata, entre 60 y 80 euros por secuenciación. Eso permite hacerlo de forma rutinaria”, dice Llúcia Martínez, junto a un pequeño secuenciador, llamado Minion, que apenas ocupa el espacio de un disco duro. Hace en 24 horas el trabajo lo que a otras grandes máquinas secuenciadoras, que están a su lado, les cuesta casi 3 días.

¿Y para qué sirve saber su código genético?

De entrada, se supo que lo de Wuhan era un coronavirus gracias a la secuenciación. “El diseño de test de diagnóstico fue gracias a ella, y la creación tan rápida de vacunas también fue posible porque se hizo pública la secuencia genómica del coronavirus”, dice González Candelas.

Pero además ha servido para conocer la expansión de cada variante como, por ejemplo, cuando, en la segunda ola, dos brotes entre temporeros en Aragón y Cataluña extendieron la 20A.EU1 por toda Europa.

Es el grupo que ha realizado más secuenciaciones genéticas de coronavirus en España GVA FISABIO

Ómicron puede ser irrelevante en esta sexta ola

El 25 de noviembre Sudáfrica daba la alerta de una nueva variante de coronavirus: Ómicron. “Lo que ha llamado la atención", asegura el responsable de biología molecular y catedrático de genética, "es el gran número de mutaciones todas juntas. Hay hasta 32 en la proteína de la espícula del virus. Eso llama la atención desde el punto de vista biológico, pero también epidemiológico”.

“De Ómicron llama la atención el gran número de mutaciones“

Habrá que experimentar en los laboratorios para saber qué efectos tiene ese paquete de mutaciones. Se tardará semanas, según González Candelas, en tener los primeros datos preliminares. ¿Y mientras tanto, que nos queda? “Observar su comportamiento en la población”, asevera el genetista. "La comparación con Sudáfrica puede no servir de mucho. Allí la incidencia no llegaba a 10 casos por 100.000 habitantes, su población es más joven, y por tanto sus casos más leves y no había una extensión como en Europa de la variante Delta con la que tuviera que competir Ómicron como aquí.

“La comparación con Sudáfrica puede no servir de mucho“

En cualquier caso, el catedrático sostiene que esta nueva variante puede ser incluso irrelevante para el control de la pandemia en España. “Estamos en una sexta ola y no hay apenas Ómicron. No podemos decir que esta ola se debe a esa variante por que empezó hace varias semanas”.

Y otra vez la secuenciación de muestras es clave. “De aquí a un mes veremos si la variante Ómicron se ha extendido”, dice Llúcia, “si no secuenciáramos esto no lo veríamos”.

El futuro de las secuenciadoras

Desde este año, tras la decisión del Ministerio de Sanidad, se adoptó una estrategia nacional de vigilancia genómica del coronavirus y desde Fisabio se coordina con 7 hospitales valencianos.

“La secuenciación ha venido para quedarse“

Las 8 mujeres que identificaron un 70 por ciento de los coronavirus que circulaban por España tienen contratos vinculados a proyectos de investigación con fecha de caducidad. 17.000 secuenciaciones y 0 contratos fijos.

“La secuenciación ha venido para quedarse”, nos dice la responsable del laboratorio de Fisabio, “otra cosa es el dinero”. Y cuando todo esto pase… ¿qué? “La maquinaria es algo accesorio”, recalca Llúcia. “Aquí trabajan 8 mujeres hiperformadas. No podemos esperar a que llegue otra pandemia. Si esto no cambia de aquí a cinco años tendremos maquinas carísimas en los hospitales y nadie para hacerlas funcionar”.