La Fiscalía y Vox  argumentan que hubo rebelión porque se usó "violencia" como medio para lograr la independencia de Cataluña. Para ello, dice el Ministerio Público, se valieron de la "fuerza intimidatoria" de la "actuación tumultuaria" de las movilizaciones ciudadanas y del "uso de los Mossos d'Esquadra como un cuerpo policial armado".

La Fiscalía enmarca en estos actos violentos el "asedio" a la Consejería de Economía y Hacienda el 20 de septiembre de 2017 y los llamamientos a la participación el 1-O buscando "el enfrentamiento directo entre multitudes de ciudadanos y las fuerzas de seguridad" y pide penas de 16 a 25 años de prisión por este delito para nueve de los 12 acusados. Vox considera que hubo dos delitos de rebelión y pide 50 años para los nueve.

Vox, la única acusación que pide penas por organización criminal, considera que de la instrucción "se puede concluir que los procesados pertenecen y han desempeñado sus actividades como miembros de una compleja y heterogénea organización unida por el propósito de lograr la secesión de la comunidad autónoma de Cataluña y su proclamación como República independiente". Pide 12 años para cada uno de los 12 acusados.

La Abogacía del Estado considera que hubo sedición, pero no rebelión -como sostienen la Fiscalía y Vox- al no apreciar violencia. El "plan orquestado", argumenta, incluía un "enfrentamiento" desde el Govern y el Parlament "contra la legalidad constitucional y estatutaria" y "movilizaciones sociales para presionar al Estado", pero califica de "incidentes contra el orden público" y no de violencia lo ocurrido en la protesta frente a la Consejería de Economía y Hacienda el 20 de septiembre. 

Acusa a los líderes independentistas de llamar a la participación el 1-O con "plena consciencia" de que podían producirse "altercados, tumultos y disturbios" pero no señala, como sí hace la Fiscalía, que lo hicieran con intención de buscar y promover enfrentamientos. La Abogacía pide por sedición y malversación penas 8 a 12 años para nueve de los 12 acusados.

Fiscalía, Abogacía del Estado y Vox, como acusación popular, consideran que tanto el exvicepresidente de la Generalitat como los ocho exconsellers que se sientan en el banquillo desviaron fondos y recursos públicos desde el Govern para la celebración del referéndum ilegal del 1-O.

El Ministerio Público habla de "distracción ilegal de caudales públicos" dentro del delito de rebelión para Junqueras, Turull, Forn, Rull, Romeva y Bassa y de "malversación" como tal en el caso de Mundó, Borrás y Vila, para los que pide 7 años de prisión por este delito. La Abogacía también pide 7 años para estos tres, pero para el resto hace una sola petición para sedición y malversación a la vez. Vox pide 12 años por malversación para los doce.

La Fiscalía y la Abogacía del Estado piden inhabilitación y multas por desobediencia para los tres exconsellers Carles Mundó, Meritxell Borrás y Santiago Vila al entender que desobedecieron los requerimientos del Tribunal Constitucional al aprobar el decreto de convocatoria del referéndum.