Al tiempo que se distanciaba de Estados Unidos, Zapatero escenificaba lo que denominó el retorno de España al "corazón de Europa". Sus primeros viajes oficiales fueron a Alemania y Francia, si se exceptúa el tradicional viaje a Marruecos con el que todos los presidentes inician su mandato. El Gobierno, además, desbloqueó la adopción del Tratado Constitucional de la Unión Europea.
De hecho, España fue el primer país de la UE que ratificó esa Constitución Europea mediante referéndum, si bien con una escasa implicación de los ciudadanos. Aunque el sí obtuvo un 76% de los votos, la participación sólo alcanzó el 42%. El Tratado Constitucional fue finalmente desechado tras el "no" de Francia y Holanda y sustituido por una versión menor, el Tratado de Lisboa, con el que España ha ganado cuatro europarlamentarios.
Si Aznar se mantuvo casi beligerante con Marruecos -durante su mandato se produjo la crisis del islote Perejil-, Zapatero ha intentado recuperar la sintonía con el reino alauí, aun a costa de provocar los recelos de Argelia y el Frente Polisario. La recomposición de las relaciones bilaterales culminó con el segundo viaje de Estado de los Reyes a Marruecos, el primero desde que Mohamed VI heredara el trono. Sin embargo, otro viaje de don Juan Carlos y doña Sofía provocó una nueva crisis: Marruecos llamó a consultas a su embajador en España, Omar Azziman, tras anunciarse la visita de los Reyes a Ceuta y Melilla. A principios de este año, Azziman regresó a Madrid y las relaciones bilaterales recuperan la normalidad.
Cuba acaparó gran parte de las gestiones del Gobierno socialista en América Latina, en el intento de que la Unión Europea recuperara el diálogo con el régimen castrista, roto precisamente a instancias de Aznar. Sin embargo, el final de la legislatura ha estado marcado por el célebre incidente del Rey con el presidente venezolano, Hugo Chávez, en la Cumbre Iberoamericana de Santiago de Chile. Durante semanas, el líder venezolano alimentó la polémica, mientras Moratinos trataba de rebajar la tensión, hasta que el asunto se fue diluyendo poco a poco. En cualquier caso, Rajoy ha reprochado con insistencia al Gobierno socialista sus "amistades peligrosas", en alusión a Chávez, Fidel Castro y el presidente boliviano, Evo Morales.
La idea de una alianza que impulse los vínculos entre Occidente y el mundo árabe ha sido una de las principales apuestas exteriores de Zapatero, pero también una de las más criticadas, sobre todo desde el PP. Pero la propuesta lanzada por el presidente español el 21 de septiembre de 2004 en la sesión plenaria de la Asamblea General de las Naciones Unidas recibió el apoyo inmediato del entonces secretario general, Kofi Annan, y de Turquía.
El primer avance fue la creación de un Grupo de Alto Nivel en la ONU, con el ex presidente portugués Jorge Sampaio como Alto Representante para la Alianza de Civilizaciones. En enero de 2008, Madrid acogió el primer foro de la Alianza, que concretó las primeras iniciativas del proyecto.